Die Probleme der Landflucht verschärften sich in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts: Bevölkerungsexplosion, mangelnde Infrastruktur und Naturkatastrophen trieben immer mehr Menschen in die Hauptstadt, aufgefangen von den endlosen Elendsvierteln. Der Terror der Guerillaorganisation Sendero Luminoso (Leuchtender Pfad) in den 1980er und 1990er Jahren akzentuierte die Situation.
1986 kam es im Gefängnis von Lurigancho, der Frauenstrafanstalt sowie der Gefängnisinsel El Frontón in Callao zu einer Meuterei von 370 vermeintlichen Anhängern des Sendero Luminoso. Die Meuterei wurde von der Regierung mit Waffengewalt niedergeschlagen, in den Männergefängnissen überlebte nur eine Geisel. Insgesamt starben 249 Gefangene; 124 von ihnen wurden erschossen, nachdem sie sich bereits ergeben hatten.
Am 17.12.1996 kam es zu einer Geiselkrise an die wir uns noch erinnern, als 15 Mitglieder des Movimiento Revolucionario Tupac Amaru während eines Empfanges die japanische Botschaft in Lima stürmten und zahlreiche wichtige Persönlichkeiten als Geiseln nahmen. Am 22. 04.1997 stürmte die Armee die japanische Botschaft und beendete die Besetzung blutig. Alle 14 Geiselnehmer, eine Geisel und zwei Soldaten kamen dabei ums Leben. 71 Geiseln wurden befreit.
In den 1990er Jahren gelangten jährlich 200.000 Menschen aus ländlichen Regionen nach Lima. Schon einige Jahrzehnte zuvor war die obere Mittelschicht aus dem überfüllten Stadtzentrum weggezogen. Sie gründete neue Stadtviertel wie Miraflores oder San Isidro, während die ganz Reichen in die neuen Viertel Monterrico beziehungsweise La Molina zogen. In den Vierteln dazwischen leben Angehörige der Mittel- und Unterschicht, aus deren ehemaligen Barackenstädten haben sich nun solide, einfache Wohnviertel entwickelt.