Chile war inzwischen nordwärts in die peruanische Region Tarapaca einmarschiert und bot Peru Waffenstillstand und Friedensvertrag an. Peru weigerte sich jedoch, Tarapaca an Chile abzutreten. Chile startete in den folgenden Jahren einen Invasionskrieg und marschierte 1881 nach der Zerstörung des peruanischen Heeres in die Hauptstadt Lima ein. Die Regierung wurde aufgelöst, und der chilenische General Patricio Lynch wurde als Gouverneur eingesetzt. Jedoch waren einige peruanische Generäle wie Miguel Iglesias und Andrés Avelino Cáceres entkommen und versuchten, aus der östlichen und nördlichen Sierra einen organisierten Guerillakrieg zu führen, mit eher zweifelhaftem Erfolg. Cáceres schaffte es im Juli 1883 noch, eine Division von 1500 Mann zu stellen, um einen letzten Befreiungsschlag anzustreben. Allerdings wurden die letzten Hoffnungen in der Schlacht von Huamachuco vom chilenischen Colonel Alejandro Gorostiaga zerstört, der Krieg war endgültig verloren.
Am Anfang des 20. Jahrhunderts entstand die Bewegung des Indigenismus. Peruanische Intellektuelle wiesen auf die Vernachlässigung der indigenen Bevölkerung hin und forderten dazu auf, das indianische Erbe zum Bestandteil einer peruanischen Identität zu machen Die Opposition organisierte ihre Anhänger auch außerhalb des politischen Bereichs, schuf mit ihren „Volkshäusern“ soziale Einrichtungen, womit es ihr gelang, ihre Organisation im ganzen Land zu verankern. Sie wollte Lateinamerikas Abhängigkeit von den USA überwinden.
Der Marxist José Carlos Mariátegui von der Partei APRA wollte indigene Elemente der gemeinschaftlichen Wirtschaft in eine sozialistische Gesellschaft integrieren. Nach einem Aufstandsversuch im Jahr 1932 ließ Präsident Cerro in der Nähe der Stadt Trujillo etwa 1000 Anhänger vom Militär erschießen. Militär und APRA standen sich seitdem in unversöhnlicher Feindschaft gegenüber.