Die Befreiung von der Kolonialherrschaft kam von außen. 1821 wurde das Land von San Martín befreit und erhielt seine Unabhängigkeit. Rebellionen und Bürgerkriege verhinderten jedoch die Entwicklung eines modernen Staates. Bolívar, der Peru 1824 endgültig von den Spaniern befreite, schaffte die Tributpflicht von Indigenen ab, deren Land wurde jedoch oft von Großgrundbesitzern an sich gerissen. Bolívar versuchte ebenfalls, die allgemeine Abschaffung der Sklaverei in Peru zu erreichen. Die Großgrundbesitzer hatten allerdings eine zu große Macht in der Gesellschaft, als dass nur durch das Gesetz die Sklaverei abgeschafft werden konnte. Erst 1854 erlaubten die Landbesitzer die Verkündung der Abschaffung der Sklaverei. Das Motiv war allerdings, dass eine "freie" Arbeitskraft zu einem niedrigen Lohn für die Landbesitzer noch billiger war.
1879 brach der Salpeterkrieg aus, weil sich Bolivien und Chile seit den Unabhängigkeitserklärungen beider Länder durch O’Higgins in Chile 1817 und Bolívar in Bolivien 1825 über die Region Antofagasta gestritten hatten. Peru besaß mehrere Guano- und Minenunternehmen im umstrittenen Gebiet, Bolivien bot Peru im Falle eines Bündnisses wirtschaftliche Privilegien in Antofagasta an. Außerdem sah Peru seine politische und wirtschaftliche Vormachtstellung, die das Land aus der Kolonialzeit als ehemaliges Vizekönigreich Spaniens übernommen hatte, durch Chile im Südpazifik gefährdet. 1874 wurde mit Bolivien ein Geheimpakt gegen Chile geschlossen. Diese Allianz konnte jedoch den Sieg Chiles nicht verhindern. Bolivien zog sich 1880 nach mehreren verlorenen Schlachten aus dem Krieg zurück und verzichtete vollständig auf seinen Anspruch auf die Region Antofagasta.