Erbaut wurde die Stadt nach einer Theorie um 1450 von Pachacútec Yupanqui, einem Herrscher der Inka, der von 1438 bis 1471 regierte. Er schuf die Grundlagen für die Ausdehnung des mächtigen Inkareiches und führte den Kult um den Sonnengott Inti ein.
Als offizieller Zeitpunkt für die Wiederentdeckung wird oft das Jahr 1911 angegeben. Tatsächlich gab es schon zuvor zahlreiche verschiedene "Entdecker", und die Existenz der Stadt war lange bekannt. Dr. John Rowe entdeckte ein spanisches Dokument von 1568, welches den Inca Yupanki als Landeigentümer von Picho (Picchu) bezeichnet. Das Dokument führt aus, dass hier angebaute Produkte als Opfergaben verwendet wurden.
Zwei Dokumente, die der deutsche Ingenieur Christian Bues entdeckte, der sich im Urubambatal zu Vermessungsarbeiten niedergelassen hatte, bezeugen, dass 1614 auf dem Gebiet des Salkantay, dem Gebiet von Machu Picchu, ein Grenzkonflikt zwischen verschiedenen Landbesitzern ausbrach. Das Gebiet gehörte zu dieser Zeit dem Stamm der Cañaris, angeführt vom Caciquen Don Francisco Poma Gualpa. Sie waren Nachfahren eines ecuadorianischen Volksstammes die sich bis 1849 in der Gegend halten konnten und dann ausstarben. Vermutlich waren sie die Wächter von Machu Picchu.
1657 pachteten die Augustiner das Land um Machu Picchu, ohne von den Ruinen Kenntnis zu nehmen.
Das einzige bekannte Dokument über die legendäre Inkastadt ist eine Urkunde aus dem Jahre 1782, die von Professor Jose Uriel Garcia entdeckt wurde. Auf Blatt 20 des handschriftlichen Protokolls wird ersichtlich, dass Machu Picchu und das umliegende Land von dem Kommandanten Marcos Antonio de la Camara y Escuerdo für 450 Pesos gekauft wurde. Notariell wurde dies vom Notar Ambrosius de Lira beglaubigt. Aus dem Dokument geht hervor, dass der Name der Stadt Machu Picchu war.
Erst Hiram Bingham schuf – bewusst oder unbewusst – das Geheimnis um den wahren Namen der Stadt.
Der Italiener Antonio Raimondi veröffentlichte 1865 eine Landkarte, auf der Machu Picchu eingetragen und namentlich gekennzeichnet war. 1867 wurde Machu Picchu vom Deutschen Augusto Berns entdeckt, der für dieses Gebiet Goldschürfrechte besaß.