Der zweite Inka Sinchi Roca, der als Späher bezeichnet wurde, begann eine friedliche Expansion in Richtung auf den Titicacasee durch die freiwillige Integration der Dörfer der Puchina und Canchi, denen sich andere anschlossen. Sein Nachfolger, Lloque Yupanqui als der dritte Inka brach bereits mit einem Heer von sechs- bis siebentausend Mann zu Eroberungen am Titicacasee auf. Die Ayahuiri setzten ihm entschlossenen militärischen Widerstand entgegen, der erst durch Verstärkungen gebrochen wurde. Um dann gegen die Aymará sprechenden Colla vom Titicacasee Krieg führen zu können, ließ er als Basis die Festung Pucará errichten und eine Truppe von zehntausend Mann unter dem Kommando seines Bruders Manco Cápac aufstellen, bevor er nach Callao umsiedelte, dem heutigen Hafen Limas.
Unter dem achten Inka Huiracocha Inca, der seinen Machtbereich bis nach Pisac (von P'isaq = „Tinamu“) im Urubamba-Tal („Ebene der Spinnen“) ausdehnte, begann die eigentliche Expansion des Inkareiches. Mit dem Volk der Quechua hatten die Inka gute wirtschaftliche Beziehungen, die durch Heirat von Huiracocha Inca und der Tochter des Häuptlings noch gestärkt wurden. Deren Feinde, die Chanca, stellten auch für die Inka und Cuzco eine Bedrohung dar. 1438 wurde Cuzco von den Chanca belagert. Trotz der Überlegenheit gelang es ihnen nicht, die Stadt einzunehmen. Schließlich wurden sie von Cusi Yupanqui besiegt. Seitdem wurde das Schlachtfeld Yawarpampa (quechua: Blutebene) genannt. Noch im selben Jahr wurde aus Cusi Yupanqui der neunte Sapa Inka, der den Namen Pachacútec (quechua = Veränderer der Welt, Retter der Erde) annahm. Ab diesem Zeitpunkt gibt es genaue geschichtliche Aufzeichnungen.
Im April 1532 landete Francisco Pizarro an der peruanischen Küste und marschierte unter Beobachtung durch Inka-Kundschafter tief ins Innere des Inkareiches ein. Bereits einige Jahre zuvor wurden die Inka von für sie neuartigen Krankheiten (Pocken und Masern) heimgesucht, die sich über Mittelamerika nach Süden ausgebreitet hatten und tödlich verliefen. Pizarro fand ein Reich vor, das in einen Bruderkrieg zwischen den Brüdern Atahualpa und Huáscar verstrickt war. Die schnelle Expansion der Inka und deren Zwangsregime hatten Unzufriedenheit unter den unterworfenen Völkern hervorgerufen, die zur Instabilität des Reiches beitrug und zu Aufständen der Völker, die nun eine Chance zur Befreiung erkannten, was Pizarro systematisch nutzte.
Atahualpa unterschätzte die von den Spaniern ausgehende Gefahr. 1532 wurden sie von ihm in Cajamarca, das von ca. 40.000 Inkasoldaten gesichert war, freundlich empfangen. Der Inka erschien mit etwa 8.000 Bewaffneten zur Verhandlung und ließ, im Bewusstsein seiner Übermacht am Platz und ringsum, auf Wunsch von Pizarro die Waffen ablegen. Dies nutzten Pizarro sowie seine 159 Gefährten für einen Hinterhalt und nahmen Atahualpa gefangen, schlugen die unbewaffneten 8.000 Inka vernichtend und metzelten neben dem indigenen Adel auch viele Generäle nieder.