Die Inka waren mit europäischer Waffentechnik und Taktik nicht vertraut, was den spanischen Eroberern den Vorteil bot. Den Feuerwaffen, Rüstungen und Blankwaffen aus Stahl sowie den laut Berichten drei Kanonen hatten sie mit ihrer früh-bronzezeitlichen Bewaffnung, Rüstungen aus Leder und Baumwolle, Bögen, Wurfspeeren, Lanzen, maqana (beidseitig geschärften Schwertern aus Palmholz), sternbesetzten Streitkeulen, Äxten aus Kupfer und warak'a (Stein- und Pfeilschleudern an drei Schnüren) nichts entgegenzusetzen. Zwar verfügten sie über das Lasso und die liwi (boleadora) – Riemen mit eingeknoteten Steinen, die geworfen werden und sich um die Beine von Mensch und Tier schlingen, so dass sie stürzen – aber sie kannten weder Pferde, auf denen die Angreifer ritten und die ihnen Angst einflößten, noch Kampfhunde, von denen die Spanier zahlreiche mitgeführt haben sollen.
Atahualpa wollte sich gegen einen 50 m² großen Raum voller Gold und Silber freikaufen. Dazu wurden die Tempel und Schatzkammern des Reiches geplündert. Lamakarawanen trafen ein und lieferten die Kultgegenstände ganzer Stämme und Orte ab, die heute auf einen Wert zwischen 25 und 45 Millionen Euro geschätzt werden. Um den Gold- und Silberschmuck der Inkas einzuschmelzen, brannten die Schmelzöfen 34 Tage lang. Die Spanier raubten von den Inkas ca. 180.000 kg Gold sowie ca. 16 Millionen kg Silber. Obwohl Atahualpa in der Hand der Spanier war, hatte er noch immer Befehlsgewalt inne und gab u. a. den Befehl, seinen Bruder zu töten, der in Cuzco gefangen war, aus Sorge, er könne gegen ihn mit den Spaniern konspirieren. Atahualpa wurde anschließend in einem Schauprozess aufgrund einer fingierten Anklage auf Vielweiberei, Brudermord und Götzenanbetung von Diego de Almagro, der sich und seinen 150 Kumpanen so einen Anteil an der Beute sicherte, zum Tode auf dem Scheiterhaufen verurteilt. Pizarro unterzeichnete das von vornherein feststehende Urteil. Weil Atahualpa seine eigene „Unsterblichkeit“ als Mumie sichern wollte, ließ er eine Taufe über sich ergehen und wurde statt durch Verbrennen am 26. Juli 1533 durch Erdrosselung mit der Garrotte, der spanischen Würgeschlinge, hingerichtet. Der Widerstand der Inka nahm daraufhin ab. Die von den Inka unterworfenen Stämme schlugen sich auf die Seite der Eroberer, in der Hoffnung, dadurch ihre Unabhängigkeit zu erreichen. Am 15. November 1533 erreichte Pizarro die Hauptstadt Cuzco, die er ohne nennenswerten Widerstand einnehmen konnte.